MİT Eski İstanbul Bölge Başkanı Nuri Gündeş hakkında, katıldığı televizyon programında Alaattin Çakıcı'yı kastederek, "Şimdi beni dinliyorsa yanaklarından öpüyorum" dediği gerekçesiyle soruşturma başlatıldı. Şişli Cumhuriyet Savcısı'nın soruşturma başlattığı Gündeş hakkında, "Suçluyu övme" suçundan iki yıla kadar hapis istemiyle dava açılabilecek.
NTV'de 7 Şubat'ta yayınlanan "Can Dündar Soruyor: Neden?" adlı programa katılan Nuri Gündeş, Hrant Dink cinayetinin derin devlet ya da örgütülü bir güç tarafından işlendiğine inanmadığını belirterek, bir zamanlar Asala'ya karşı operasyon düzenlediklerini açıklamıştı. Gündeş, "Ekibim, devletin ulaşamadığı yerlerde savaş verdi. Bunu derin devlet olarak izah etmek mümkün" demişti. Yurt içinde Türk vatandaşlarına karşı düzenlenen operasyonlar için hukuk dışına çıkmanın doğru olmadığını anlatan Gündeş, yurtdışında bunun yapılabileceğini ima etmişti. Yurtdışı görevleri için Abdullah diye bahsettiği Abdullah Çatlı ve ekibini görevlendirmediğini ifade eden Gündeş, "Bir mecmuada bana Alaattin Çakıcı'yı sordular, 'Ben devlete böyle sonradan sıkıntı olacak kişilerle pek iş yapmadım' dedim. Bana mektup yazdı hapishaneden. Şimdi dinliyorsa beni yanaklarından öperim, devlete eğer hizmeti varsa..." demişti.
Şişli Cumhuriyet Savcılığı bu konuşma üzerine Nuri Gündeş hakkında, "Suçluyu övmek" suçundan soruşturma başlattı. Savcılıkta ifadesi alınacak olan Gündeş hakkında, TCK'nın 215. maddesine göre, 2 yıla kadar hapis istemiyle dava açılabilecek.
Bu arada İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı, gazeteci Can Dündar'a, "Akıllı olmanızı rica ediyorum" diye mektup yazan Alaattin Çakıcı'nın ifadesine başvurmuştu. Çakıcı, Eski MİT'çi Nuri Gündeş'le derin devletin konuşulduğu programda kendisi hakkında konuşan gazeteci Can Dündar'a, cezaevinden mektup yazmıştı. Çakıcı mektubunda, "Sen Jean mısın Can'mısın" dediği Can Dündar'a, "Bakınız beyefendi! Siz Alaattin Çakıcı'nın ağzının ayarının sınır tanımadığını biliyor musunuz. Akıllı olmanızı sizden rica ediyorum, beyefendilik bende kalsın" demişti. Bu sözleri tehdit kabul eden İstanbul Cumhuriyet Savcılığı, Çakıcı hakkında inceleme başlattı. Tekirdağ F Tipi Cezaevi'nde yatan Alaattin Çakıcı'nın, Tekirdağ Cumhuriyet Savcısı tarafından, talimatla ifadesi alındı.
