Dünya kamuoyu CIA'nın gizli cezaevleri, esir kampları, işkence merkezleri ve gizli uçuşlarıyla ilgili en detaylı bilgileri ilk kez Yeni Şafak dış politika yazarı İbrahim Karagül'den öğrendi. ABD'li yetkililer ve CIA'ya hava sahaları ile topraklarını kullandıran ülkeler, söz konusu bilgileri önce yalanlasalar da Uluslararası Af Örgütü'nün 2006 Nisan raporuyla CIA'nın işkence uçuşları, kullanılan havaalanları, ortaklık yapıldığına dair belgeler ve bu amaçla kurulan şirketler bir bir deşifre edildi. Başta ABD Başkanı George W. Bush olmak üzere yetkililer de 'işkence merkezleri'ni itiraf etmek zorunda kaldılar. Karagül, "Yüzyıllık Kuşatma" isimli birinci kitabının ardından CIA'nın dünyada büyük yankı uyandıran bu operasyonları başta olmak üzere, yeni soğuk savaşı ve bu çerçevede kullanılan sivil toplum kurulaşlarını, Irak'ta derinleşmeye başlayan mezhep çatışmalarını, Kuzey Irak'ı ve nükleer silahlanmayı analiz ettiği ikinci kitabını yayınladı.
Timaş Yayınları'ndan çıkan "Hesaplaşma Yüzyılı"nda Karagül, New York'taki İkiz Kuleler'i yerle bir eden 11 Eylül saldırısından iki gün önce öldürülen Afganistan Devlet Başkan Yardımcısı Ahmet Şah Mesud, Şeyh Yasin, Refik Hariri, Ayetullah Muhammed Bakır El Hakim gibi suikastların bölgedeki bazı ülkeleri istikrarsızlığa ve iç savaşa sürüklemek hedefiyle belli bir merkezden yönlendirildiğini belirtiyor. Karagül'e göre Yaser Arafat ve Suriye İçişleri Bakanı Gazi Kenan'ın şüpheli ölümlerini de aynı kategoride değerlendirmek gerekiyor. Kitapta özel bir önem atfedilen Ahmet Şah Mesud suikastının zamanlamasına dikkat çeken Karagül, "Şah Mesud'dan sonra Afganistan ve Orta Asya'da dengeler kökünden değişti. Avrupa Birliği, Rusya ve Çin'in, ABD'nin bölgedeki nüfuzunu kırmaya dönük çıkışları hezimete uğradı" diyor.
Karagül, kitabında “hesaplaşma" ile ilgili olarak şunları söylüyor: "Küresel aktörler, geleceği yani 21. yüzyılı bir coğrafya ile, bir din ile, bir kültür ile, bu değerlerin yoğurduğu kitleler ile mücadele yüzyılı ilan etti bile. Ne kadar reddetsek de, 21. yüzyıl bir hesaplaşma yüzyılı olacak. İnsanlık Batı'nın Doğu ile, İslam ile hesaplaşmasına tanık olacak. Bu yolda o kadar mesafe alındı ki, geri dönüş yolu kapanmak üzere. Batı'nın bu coğrafyayı dönüştürmek için iş tuttuğu grupların yerine 'hesaplaşma'yı esas alan örgütler, gruplar, liderlikler ortaya çıkıyor. Batının hesaplaşma, terbiye etme ve kontrol altına alma stratejilerine karşı savaşı tercih eden çok sayıda grup var artık."
